1. 유닉스
유닉스 시스템은 과거에 주로 많이 이용한 시스템이라서 최근 리눅스로 많이 옮겨 왔습니다.
아직 시청,구청, 국가 기관 등 예전 시스템을 쉽게 변경하기 어려워 일부 유지하고 있지만 이용률은 드물다고 보시면 됩니다.
유닉스 OS는 솔라리스, SUN OS를 많이 이용하고 있습니다.
명령 체계는 리눅스와 다소 흡사 하여 유닉스 시스템을 배제 하시고 바로 리눅스를 학습하셔도 무관하다고 봅니다.
참고로, 리눅스는 유닉스를 편리하게 관리 하도록 개선된 OS로써 유닉스 명령 체계와 많이 비슷 합니다.
제 홈페이지에 몇 안되는 솔라리스 게시글 자료 있으니 참조하세요.
솔라리스 자료 : http://www.saybox.co.kr/bbs/board.php?bo_table=solaris
부산 지역에서 왠만한 기업들 서버 대부분 봤는데 유닉스 사용하는 곳은 시청 일부 서버, 김해농협, 부산항만공사.. 몇개의 업체 뿐이더군요.
5년전 이었으니 이곳 들도 이제는 모두 리눅스 또는 윈도우로 바뀌었을 겁니다.

2. 리눅스
리눅스는 현업에서 70~80% 차지하는 비율을 보여 준다고 해도 과언이 아닐겁니다.
리눅스를 공부 한다면 먼저 OS 설치부터 서비스 하고자 하는 소스파일들을 설치하는 순서로 공부를 하시면 될것 같구요.
이어서 서버 보안 쪽으로 공부하시면 됩니다.
참고로, 리눅스는 OS가 워낙 다양해서(페도라, 레드헷, 우분투, 수세......) 공부하면서 자료를 쉽게 찾아 볼려면 국내에서 많이 사용하고 있는 CentOS 또는 페도라 정도로 선택해서 공부하시면 될겁니다. (국내 엔지니어 하나의 OS만을 선호하게 되는 특징이 있는데, 이유는 많은 사람들이 이용 할수록 Q&A 자료가 많아 진다는 장점이 있기 때문입니다.)
참고로, 네이버 역시 리눅스 OS를 이용하고 있으며 현재 3~4만대 서버를 전국에 운영하고 있습니다.
부산 지역에서 접속시 부산에 설치된 서버로 접속되어 매우 빠르게 접속이 되는 것입니다.
서버 자료는 전국 서버로 동기화 되고 있으며 한때 네이버가 MySQL을 사용한다는 기사가 이슈가 되기도 했지요. 하지만 몇년전 인수한 큐브리드 DB를 도입한다는 소식도 있었구요.
그리고, 리눅스 공부하실땐 shell 공부도 필수 입니다.
C 언어라 보시면 되는데 리눅스 상에서 모든 업무 처리를 shell로 구현해서 이용한다고 보셔도 됩니다.
리눅스 자료 : http://www.saybox.co.kr/bbs/board.php?bo_table=board01

3. 윈도우서버
윈도우서버는 현업에서 금융권(부산은행, 증권회사), 게임(윈도우 어플 실행되어야 하므로)회사, 시군구(시청, 구청,,,) 등에서 주로 사용하고 있습니다.
리눅스 보급화 되기 이전(5~8년전)에는 운영자들이 윈도우가 친숙하다는 이유로 많이 이용했구요.
게임 서버와 같이 윈도우 환경이 되어야만 게임 서버 모듈이 탑재 되어야 하는 환경에서 필수로 이용하기도 했습니다.
하지만 요즘은 저렴하게 리눅스환경에서도 게임 서버 모듈을 돌리기도 하더군요.
윈도우서버 자료 : http://www.saybox.co.kr/bbs/board.php?bo_table=win2003

4. 결론
어찌 됐던 요즘은 용도에 OS가 결정되고 있습니다.
단, 윈도우서버의 경우 서버 관리자가 한사람 이상 상주 해야할 정도로 보안이 취약 하더군요.
아마도 빌게이츠를 싫어하는 해크들이 많아서 그런지 수시로 올라오는 보안 업데이트를 재때 안적용하지 않거나 보안 취약점을 빨리 점검하지 않을 경우 바로 서비스 종료에 이르는 심각한 관리 환경을 지니고 있습니다.
그래서 여러가지 방화벽 장비 도입을 하곤 합니다.
그렇다고 리눅스 역시 안전한건 아니며 윈도우 보다는 덜 취약할 뿐 항상 업데이트를 해줘야 하며 보안관련 사이트 카페등을 통해서 항상 모니터 하셔야 합니다.
네트워크 자료 : http://www.saybox.co.kr/bbs/board.php?bo_table=network
보안 자료 : http://www.saybox.co.kr/bbs/board.php?bo_table=scrity

그리고, 동접자 300~500 규모라 하셨는데, 리눅스 환경에서 제온2.4 급이면 1대의 서버로 500명까지는 처리 할 수 있습니다.
요즘은 서버가 워낙 좋아서 OS 환경 잘만 설정하면 800~1,000명까지도 처리 할수 있습니다.
하지만 현업에서는 이보다 많은 동접을 처리해야할 필요가 있는습니다.
제가 동접 2만명까지 수용해봤는데, 이때는 서버 1대로 운영이 안되므로 스위칭 장비가 도입 됩니다.
주로 저렴하게 L4 스위치 또는 세션까지 처리해주는 L7 장비를 도입합니다.
리눅스 서버로도 가능하지만 서버를 경유해서 로드밸런싱 처리하는 것이므로 퍼퍼먼스 한계가 있습니다.
그리고 회선 역시 일반 UTP 회선이 아닌 광케이블로 기가망 대역으로 구축 해야하며 이때 사용하는 장비로는 안정적인 시스코 및 3COM 장비를 주로 이용하며, 콘솔로 스위치 설정하는 기술까지 필요 하게 됩니다.
결국 네트워크 까지 공부하게 됩니다.

이정도 내용이면 살짝 부담이 가시겠지만 하나씩 하나씩 배워 나가다보면 자기것이 됩니다.
제가 공부한 과정은 다음과 같습니다. (10년간)

1. 서버, 웹서비스
솔라리스(유닉스 쉘, FreeBSD) -> 윈도우OS(IIS, ASP, 게임 서비스) -> 리눅스(Apache, PHP, JSP, Shell)

2. 네트워크, 보안
서버 -> 네트워크(L4, 스위칭) -> 보안(OS보안, 방화벽장비)

3. DB
MSSQL -> MySQL -> Oracle -> 큐브리드

4. 어플 개발
COBOL -> Visual Basic -> 포트란 -> 델파이 -> C -> Visual Studio C++ -> C# -> 윈도우 모바일 -> 안드로이드 ->아이폰(추후 계획, 아이폰 먼저 했어야 하는건데 ㅡㅡ)

위와 같은 과정으로 하나씩 배우게 되더군요!
현재는 100대 정도의 서버와 L4 스위치 보안장비 및 시스코 스위칭 환경에 각족 서비스를 모두 혼자서 관리하면서 웹서비스 개발도 하고 있습니다.
최근엔 달인쿠폰을(http://dalincoupon.com) 오픈해서 대박 내고 있다는..
1주일만에 1억원 이상의 매출~
그리고 현재는 안드로이드 앱 개발 공부중...
IT 업종에 있으면서 한가지만 잘하는것도 좋지만 이것저것 해보는것도 좋은듯.
그러고 보니 요즘 DSLR 카메라에 공부에도 흠뻑 빠져 있네요...

우와 모두 작성 하는데 30분이나 걸렸어요.
남동희님께 도움이 되는 글이 되었으면 합니다.
작성시간은 현재 새벽 4시 ㅡㅡ;
졸면서 작성한거라 내용이 이상한것도 있을겁니다. ㅋㅋ
에구 빨리 자야지...

아, 참고로 전 학원에 강의해보러 간적은 있어도 배우러 가본적은 없구요.
주로 책을 보며 독학을 했는데...
학원가서 배우면 혼자서 공부하는 것보다 체계적으로 배우게 될것이라 생각됩니다.
하지만, http://www.busanit.ac.kr/cam1/Mojib2010/account/IB041029.asp
이 과정은 APM 설치라고 되어 있는데, 이건 책보면서 몇 번의 시행착오를 격어 가면서 os를 수십번 설치 해보는게 좋은데 (전 윈도우 1000번, 리눅스 3000번,,, 이상으로 설치 해본듯)
무조건 많이 설치해봐야 이런저런 오류를 겪어가면서 인터네 자료 찾아서 해결하심이 좋을듯 제가 올려둔 APM설치 자료 보시고 해도 하루~일주일이면 끝나는 내용인듯...
리눅스 마스터 자격증을 취득하게 해준다는데, 이 자격증 제가 조금 과장해서 하루 공부하고 딴 자격증인데 내놓기 부끄러운 자격증입니다.
적어도 리눅스 국제 자격증 정도는 되어야 인증 받습니다.
리눅스마스터 취득하는데 돈과 시간 투자 하지 마세요.
위 자격증은 현업에서 알아 주지도 않습니다.
이왕 자격증 따실려면 국제 리눅스 자격증에 도전해 보세요 (영어 필수)
그리고, 제시한 과정만 공부하면 현업에서 업무를 볼수 있다고 되어 있던데 그건 아닌듯..
신입사원으로 들어가서 새로 배운다면 상관 없으며, 기초적인 내용이라 보시면 됩니다.
위 과정은 혼자서 공부해도 충분한 내용이라 보여 지구요.
이어서 좀더 고급 과정을 들으심이 좋을듯 합니다.
제 생각이니 결정은 님께서~ ㅋㅋ

단순히 집에서 홈페이지를 간단하게 운영 해보고 싶으시다면 사용하시는 PC에 APM Setup을 설치해서 바로 웹서비스 환경을 구축하실수 있습니다.
http://apmsetup.com/
wowip (DDNS) 이용시 외부에서 접속할수 있는 도메인도 받으실 수 있습니다.
PC에서 리눅스 윈도우 서버 설치 등을 해보실려면 Vmware를 이용하시면 별도의 하드웨어 장비 필요 없이 공부 하실 수 있습니다.

헐 부산it학원.. 제가 새 직장을 찾아보려다 작년에 다녔던 곳인데, 경험을 말씀드리면 저뿐만이 아니라 대부분 사람들에게 들어봐도 답변은 "현업가능한 기술을 기대할순없다 단지 책내용을 읽어주는 수준이다" 입니다.
다녔던학원을 까는건 나쁜거지만 제 생각도 같습니다. 안풀리는것들 강사들보단 오히려 무한검색, 서적참고로  자체 해결했습니다. 돌이켜보면 시간낭비였습니다 ㅋ. 물론 첫시작을 쉽게해주고 같이공부하는 사람들이 있어 좋은면도 있지만 결론은 비추임미다. 국비지원받는, 말그대로 상업적인 운영을 하는 학원입니다.

집을 나서려다가 이글을 보고 너무 감동받았습니다.
소중한 시간 내주셔서 조언해주시니 너무 감사드립니다. ^^
저도 요즘 아이템이 생겨서 한번해볼려고 진행중인데, 팀에 홈페이지운영에 관련된 기술자가 없어서 고민중이었습니다. 그래서 제가 한번 배워서 해볼려고 했는데 10년... ㅜㅜ  눈앞이 깜깜하네요.
학원과정이 효율성이 떨어지실거 같으시다고 조언해주시니, 그냥 도서관에서 책을 보면서 공부를 하려고 합니다. 다음 정모때, 제가 밥이라도 한끼 사겠습니다 ^^

오오~ 저도 잘 읽었습니다. 많은 도움이 되었습니다^^